天然玛瑙差异于假玛瑙的最显着的标志，是其横断面有同心层纹结构，使用这个标志，整块玛瑙较为简单辨认，而经切开后的制成品，因为没有规整显着的图画，则简单认错。但一般来说，天然玛瑙手感凉，外表像涂了一层蜡，并有蜡的光泽，半透明，硬度在摩氏7级，用小刀刻不动，因为它是在熔融状态下构成的结晶体，多为球状，所以特别细密；外表研磨后更为细腻，在硬杂木板上急骤磨擦十几下，玛瑙不热，木板却发烫；色彩常是几种稠浊于一块之中，构成美丽的斑纹、层纹、锦花等绚丽多彩的图画。 假玛瑙除人工合成外，一部分是用优质的石材来充任的。其基本特征是：手感当然凉，却没有蜡状感觉和光泽，有些硬度低，用小刀能刻出痕迹来；砸碎调查断面，除没有玛瑙所具有的层纹外，颗粒较粗，甚至有裂隙；不透明，色彩之间界限清楚。有些不法商贩在冒充玛瑙的外表粘上一层薄薄的有机物，给人有蜡状光泽和手感的幻觉，辨别时要特别注意。